La Caja de Seguridad Social para los Profesionales en Ciencias Económicas de la Provincia de Santa Fe está integrada por los siguientes órganos: Consejo Superior del Consejo Profesional de Ciencias Económicas, Consejo de Administración Provincial, Comisión Fiscalizadora Provincial, dos Cámaras con sus respectivos Consejos de Administración y Comisión Fiscalizadora.

El Consejo Superior tiene a su cargo de la dirección de la Caja de Seguridad Social para Profesionales en Ciencias Económicas de la Provincia de Santa Fe. La administración es ejercida por el Consejo de Administración de cada una de las Cámaras, integrado por afiliados activos y pasivos.

El Consejo de Administración Provincial está constituido por los miembros titulares de las dos Cámaras. La presidencia del mismo es ejercida bianualmente por el Presidente de la Cámara que le corresponda en turno en forma alternada.